V praxi daňových kontrol správce daně velmi často se snaží situaci vidět tak, že navzdory tomu, že předmětná zakázka (třeba stavební, ale i jiná) byla skutečně provedena, finálnímu zákazníkovi skutečně řádně předána a jím také zaplacena, neuzná dodavateli náklady vynaložené na potřebné subdodávky (například s odkazem na to, že se podle názoru finančního úřadu daňovému subjektu nepodařilo prokázat, že právě tento subdodavatel tuto předmětnou subdodávku provedl). Takto pak správce daně doměřuje dodavateli opravdu velmi nereálný základ daně, a stanovení daně podle pomůcek (tedy za použití v nákladech hodnoty subdodávky v ceně obvyklé) je tedy nejen pro takový daňový subjekt příznivější, ale i mnohem více spravedlivější (protože blíže správné výši).
V uvedené situaci je vhodné poukázat například na rozsudek NSS ze dne 31.5.2017 čj. 2 Afs 160/2016 -38 (žalobce: V.M.), ze kterého je možno citovat:
Neprokázání daňové uznatelnosti konkrétních výdajů samo o sobě ještě není způsobilé zpochybnit účetnictví jako celek a nemožnost stanovit daň dokazováním. Nicméně jedná-li se o výdaje, které musely být pro dosažení příjmů zcela logicky vynaloženy (tzv. esenciální výdaje), jejich skutečná výše však nebyla spolehlivě prokázána, není možné tyto výdaje zcela opomenout. Uzná-li správce daně určitou část příjmů ke zdanění, a odebere tedy poplatníkovi část jeho majetku, musí přiznat i relevantní část výdajů objektivně minimálně nutných na jeho pořízení.
Správce daně se v daňovém řízení zcela opomenul zabývat otázkou, zda nezpochybněné výdaje za rok 2010 mohly stěžovateli umožnit realizaci předmětné zakázky. Pokud by totiž zjistil, že uplatněné a prokázané výdaje nemohly pokrýt provedené stavební práce a použitý stavební materiál, nelze dojít k závěru, že daň lze stanovit dokazováním, a bylo by tedy třeba přistoupit k stanovení daně pomocí pomůcek.