Rozšířený senát NSS ve svém usnesení ze dne 23.8.2011 čj. 7 Afs 14/2010-91 (č. 2441/2011 Sb. NSS) konstatoval zásadní právní větu:
Rozhodnutí o uložení záznamní povinnosti podle § 39 odst. 1 a 2 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, je rozhodnutím ve smyslu § 65 odst. 1 s.ř.s., které podléhá přezkoumání soudem.
Ve zdůvodnění se mj. uvádí:
Záznamní povinnost má tedy veřejnoprávní charakter, má svůj zákonem předpokládaný účel a s jejím nedodržením jsou spojeny zákonné následky. Důsledkem nedodržení záznamní povinnosti může být neunesení důkazního břemene podle § 31 odst. 9 a stanovení daně podle pomůcek podle § 31 odst. 5 daňového řádu z r. 1992. Pokud byla záznamní povinnost uložena v souladu se zákonným účelem, pak nelze než dospět k závěru, že její nesplnění výrazně ohrožuje možnost stanovení daně dokazováním. Stanovení daně podle pomůcek pak je způsobem náhradním, a byť jde o kvalifikovaný odhad na základě vhodných pomůcek, vždy jde o stanovení daně způsobem, který může být daňovému subjektu na újmu. Neplnění záznamní povinnosti pak dále, jako v daném případě, je důvodem pro uložení pokuty podle § 37 odst. 1 daňového řádu z r. 1992.
Rozhodnutí o uložení záznamní povinnosti je úkonem správce daně, z něhož plyne pro daňový subjekt povinnost vést evidenci či jiné záznamy nad rámec zákonných povinností. Jedná se o úkon, jímž se ve smyslu § 65 odst. 1 s. ř. s. zakládá povinnost, a tedy o úkon, který je rozhodnutím; proto podléhá soudnímu přezkumu. Nejde pouze o „procesní“ rozhodnutí zajišťující správci daně shromáždění podkladů pro správné stanovení daně, jak bylo posuzováno v předkládajícím senátem označených rozhodnutích tohoto soudu.
Rozšířenému senátu je známo i usnesení Ústavního soudu ze dne 8. 11. 2000, sp. zn. I. ÚS 370/99, posuzující záznamní povinnost podle daňového řádu z r. 1992 v době před vydáním soudního řádu správního. Rozšířený senát se neztotožňuje s tam vyjádřeným právním názorem, že k zásahu do hmotných práv dojde až vyměřením daně. Ve vztahu k závaznosti usnesení Ústavního soudu přitom vycházel např. z nálezu Ústavního soudu ze dne 13. 11. 2007, sp. zn. IV. ÚS 301/05, odst. 88 a 89, či z usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 3. 2011, č. j. 8 Afs 48/2009 – 80, odst. 21. Záznamní povinnost je uložením konkrétních povinností, které je daňový subjekt povinen respektovat a na základě rozhodnutí je povinen něco konat. Taková povinnost je administrativně i časově zatěžující. Přitom nelze vyloučit, že její uložení neodpovídá zákonnému účelu, že je uložena evidence skutečností, které daňový subjekt není oprávněn od svých zákazníků požadovat, případně, že uložená povinnost není z jiných důvodů splnitelná.
V dalším textu zdůvodnění pak NSS vyložil, že se nejedná o rozhodnutí předběžné povahy (ve vztahu k podmínkám uvedeným v rozsudku rozšířeného senátu NSS čj. 2 Afs 186/2006-54), zejména pak proto, že uložení záznamní povinnosti není nutně následováno dalším rozhodnutím:
Daňová přiznání nikdy nemusí být zpochybněna, daňový subjekt nikdy nemusí být podroben vytýkacímu řízení či kontrole, a tudíž nikdy nemusí nastat situace, kdy by v důsledku zjištěných vad v uložené záznamní povinnosti byla doměřována daň podle pomůcek. Stejně tak nemusí být daňový subjekt nikdy podroben kontrole plnění záznamní povinnosti a nemusí vůči němu být zahájeno řízení o uložení pokuty