Z rozsudku Nejvyšší správní soudu (NSS) ze dne 16.11.2010, čj. 9 Aps 5/2010-81 (uveřejněn pod č. 2261/2011 Sb. NSS; věc Gladius International s.r.o.) vyplývají tyto závěry:
- Proti nezákonnému zahájení vytýkacího řízení (pozn.: dnes „postup k odstranění pochybností“) je prostředkem ochrany žaloba dle § 65 SŘS podaná proti konečnému rozhodnutí ve věci vyměření, a nikoli žaloba na ochranu před nezákonným zásahem dle § 82 SŘS
- Prostředkem právní ochrany proti účelově prodlužovanému vytýkacímu řízení je žaloba nečinnostní dle § 79 SŘ
Ze zdůvodnění můžeme například číst:
- řízení o ochraně před nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením správního orgánu je subsidiární formou soudní ochrany ve správním soudnictví, která pokrývá širokou škálu tzv. faktických zásahů a která nastupuje jen v případě, že jiná právní možnost ochrany chybí
- Daňová kontrola a vytýkací řízení mají bezesporu řadu společných jmenovatelů a oba instituty lze označit za komplexní kontrolní postupy uplatňované při správě daní. To však automaticky neznamená, že lze těmto institutům přisuzovat stejný charakter i z hlediska případné procesní obrany daňového subjektu.
- Z ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu plyne, že institut vytýkacího řízení je nástrojem k vyjasnění, upřesnění či případné korekci údajů uvedených v daňovém přiznání a hlášení předtím, než bude přistoupeno k vyměření daně či k jejímu doměření na základě dodatečného daňového přiznání
- Správce daně je po ukončeném vytýkacím řízení vždy povinen vydat platební výměr, a to i když dospěje k závěru, že veškeré údaje uvedené daňovým subjektem v daňovém přiznání jsou správné, pravdivé, průkazné či úplné
- Z výše uvedeného je nepochybné, že vytýkací řízení může být zahájeno až po předložení příslušného přiznání k dani, a to pouze na základě konkrétních pochybností o údajích v něm uvedených, a na rozdíl od daňové kontroly končí vždy vydáním rozhodnutí
- Skutečnost, že vytýkací řízení nemůže představovat nezákonný zásah ve svém celku, proto pochopitelně nevylučuje, že by v jeho průběhu nemohlo dojít k takovému faktickému úkonu ze strany pracovníka správce daně, proti kterému by se s ohledem na jeho charakter bylo možné bránit žalobou dle ustanovení § 82 s. ř. s., tj. před samotným vydáním rozhodnutí o vyměření daně
- Namítal-li stěžovatel, že správce daně vede vytýkací řízení bez právního podkladu, kdy podle jeho názoru docházelo ze strany správce daně k nedůvodnému oddalování vyměření daně, měl se namísto ochrany před nezákonným zásahem domáhat ochrany nečinnostní žalobou dle ustanovení § 79 s. ř. s. (i faktické provádění úkonů, jež však nemají žádný právní podklad a jsou uskutečňovány s cílem oddálit moment vydání meritorního rozhodnutí, mohou být považovány za nečinnost správního orgánu).